دانشگاه هاروارد در واکنش به تهدیدهای دولت ترامپ مبنی بر قطع کمک‌های فدرال به‌دلیل آنچه «عدم مقابله کافی با یهودستیزی» خوانده شده، از آزادی دانشگاهی و استقلال این دانشگاه دفاع کرده و گفته است که «حقوق قانون اساسی و استقلال دانشگاه‌ها قابل مذاکره نیست.» آلن گاربر رئیس دانشگاه هاروارد در نامه‌ای رسمی خطاب به جامعه دانشگاهی اعلام کرده است: «هیچ دولتی حق ندارد به دانشگاه دیکته کند که چه آموزش دهد، چه کسانی را بپذیرد یا استخدام کند و چه پژوهشی انجام دهد.»
این موضع‌گیری در پاسخ به تهدیدهای دولت ترامپ برای قطع کمک‌های مالی سالانه حدود ۸٫۷ میلیارد دلاری و قراردادهای ۲۵۰ میلیون دلاری با هاروارد صورت گرفته است. در پی گزارش‌هایی درباره افزایش رفتارهای یهودستیزانه در فضای دانشگاه، دولت فدرال فهرستی از ۹ اقدام اجباری برای تداوم رابطه مالی ارائه کرده بود؛ اقداماتی که شامل کاهش برنامه‌های تنوع و حمایت از اقلیت‌ها، ممنوعیت استفاده از ماسک و اعمال مجازات علیه برخی دانشجویان و استادان می‌شود.
گاربر این اقدامات را «فراتر از حدود آزادی بیان و قوانین حقوق مدنی» و «نقض آشکار آزادی آموزشی و پژوهشی» دانسته و گفته است از مسیر حقوقی، موضع غیرقابل قبول دانشگاه را به دولت منتقل کرده‌اند. او همچنین می‌گوید که تهدید به قطع حمایت‌های مالی می‌تواند پیامدهای منفی برای امنیت اقتصادی و بهداشت عمومی ایالات متحده داشته باشد.
در عین حال رئیس دانشگاه هاروارد می‌گوید که این دانشگاه مقابله با یهودستیزی را نادیده نگرفته و طی ۱۵ ماه گذشته تدابیری برای پاسخ‌گویی به این مسئله اتخاذ کرده است. او گفته است دانشگاه در عین احترام به آزادی بیان و اعتراض، تلاش می‌کند تا تظاهرات‌ها مانعی برای آموزش، پژوهش و یادگیری نباشند.
جمعی از استادان دانشگاه هاروارد نیز اعمال فشار مالی دولت را «نقض حقوق قانون اساسی» دانسته و علیه دولت فدرال اقامه دعوی کرده‌اند. دولت ترامپ در هفته‌های اخیر بیش از ۶۰ دانشگاه، از جمله هاروارد را تهدید کرده که در صورت ارزیابی منفی از اقدامات حمایتی آن‌ها از دانشجویان یهودی، با تحریم مواجه خواهند شد.
